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Los ecosistemas de agua dulce han sido los más afectados por las pérdidas de biodiversidad durante desde 1970 hasta la actualidad según los Informes de Planeta Vivo. Las especies europeas de peces de agua dulce forman parte de los grupos más amenazados por la contaminación, la extracción de agua, la fragmentación del hábitat, la introducción de especies exóticas, la sobrepesca y la liberación de poblaciones no autóctonas. Sin embargo, el impacto del cambio climático se convertirá en la principal amenaza a lo largo de este siglo. Las predicciones sobre el impacto del cambio climático son dramáticas para los salmónidos residentes en los países mediterráneos, como la trucha común, debido a su presencia restringida en las cabeceras de los ríos. La trucha común es muy apreciada por los pescadores de caña en los países mediterráneos y fomenta la industria turística regional durante el verano. Sin embargo, algunos estudios advierten de que el cambio climático en curso podría afectar drásticamente a la sostenibilidad de estas pesquerías.

En los ríos españoles, la trucha común alberga una de las constituciones genéticas más ricas y diversas de Europa y hasta cuatro linajes evolutivamente distantes están presentes entre estas poblaciones. En la actualidad, varios linajes mediterráneos de trucha común se consideran especies separadas, muchas de ellas catalogadas como Vulnerables (V) o con Datos Deficientes (DD) en la Lista Roja actualizada de peces de agua dulce europeos. Desafortunadamente, los linajes de trucha común ibérica aun no han sido objeto de suficiente revisión taxonómica, a pesar de que podrían incluir diferentes especies endémicas y los binomios taxonómicos utilizados en la legislación nacional no han sido actualizados. A pesar de la existencia de esos cuatro linajes evolutivos distantes (Adriático, AD, Mediterráneo, ME, Atlántico, AT y Duero, DU), la legislación española sigue considerando una única especie, Salmo trutta, que habita tanto en ríos atlánticos como mediterráneos. La especie está catalogada como vulnerable en la Lista Roja española desde 1992.

Las poblaciones autóctonas del linaje AT en los ríos ibéricos representan una rama separada hace mucho tiempo del clado AT más antiguo distribuido entre las poblaciones centroeuropeas. Estas poblaciones europeas fueron la fuente de los stocks mantenidos en los centros piscícolas para repoblar los ríos españoles. Estas repoblaciones con stocks no nativos han dado lugar a una hibridación introgresiva en las poblaciones de trucha autóctona a lo largo de los ríos ibéricos. Actualmente, el reforzamiento con stocks no autóctonos está cayendo en desuso dado el riesgo que supone para las poblaciones autóctonas. No obstante, la presencia de «puntos negros» de poblaciones ya naturalizadas o altamente introgresadas en muchos ríos mediterráneos supone una seria amenaza para las poblaciones autóctonas remanentes en áreas vecinas dentro de cada cuenca. Un proyecto previo sobre poblaciones de trucha común pirenaica desarrollado por el mismo equipo de investigación ha indicado que las temperaturas más cálidas y las menores precipitaciones que se esperan con el cambio climático favorecerán la hibridación introgresiva entre los peces autóctonos y los alóctonos ya presentes en estos ríos. Por tanto, el potencial adaptativo y, por ende, la supervivencia a largo plazo de las poblaciones ibéricas de trucha común pueden verse comprometidos por la introgresión prolongada de variantes detrimentales provenientes de los stocks en los genomas de las poblaciones nativas.